L’autonomie d’une exploitation agricole correspond à sa capacité à produire des biens et des services à partir de ressources propres ou collectives locales (humaines, naturelles, physiques, cognitives, etc.), à permettre à l’agriculteur de disposer de sa liberté de décision et de développer des modes d'action permettant de limiter sa dépendance aux dispositifs de régulation publique (aides, quotas, droits à produire, etc.), ainsi qu’aux acteurs de l’amont et de l’aval.

Ce concept correspond à une des cinq propriétés des systèmes agricoles durables que qualifie la méthode IDEA4.